Au moment où le régime médiéval prit fin, c'est-à-dire quand le prince-évêque, Pierre de La Baume quitta la cité, les citoyens s'érigèrent en souverains et Genève devint une république indépendante. La commune se transforma en Etat, en quelque sorte, réunissant tous les pouvoirs qu'ils soient souverains ou communaux.
Entre 1798 et 1813, Genève est annexée à la France et devient le chef lieu du département du Léman. Elle fonctionne sous le régime des institutions municipales françaises, soit le système du Conseil municipal, du maire et de ses adjoints, nommés par le pouvoir central.
En 1814, la République est rétablie suite à l'arrivée des troupes autrichiennes à Genève. Un gouvernement provisoire est formé, lequel s'attelle à la rédaction d'une Constitution et obtient la réunion de Genève à la Confédération. Contrairement à la situation qui prévalait sous l'administration française, l'administration de la Ville est rattachée à celle du Canton. Elle est assurée par une Chambre des comptes, placée sous l'autorité du Conseil d'Etat, composée d'un syndic, de trois conseillers d'Etat et de trois députés au Conseil représentatif, agissant en qualité de Conseil administratif.
Dès 1830, un projet déposé au Conseil d'Etat propose de modifier cette situation et en 1835, une loi est adoptée dans le sens d'une plus grande autonomie de la municipalité. A la fin de l'année 1841, le régime conservateur est renversé et une nouvelle Constitution est élaborée courant 1842. La Municipalité devient alors réellement autonome. L'administration municipale est confiée à un Conseil administratif de 11 membres choisis par le Conseil municipal parmi ses membres. Le premier président du Conseil administratif est Léonard Gentin. Ce nouveau Conseil introduit l'éclairage au gaz, fait construire un nouvel abattoir et diminue la dette de la Municipalité.
Les événements de 1846 et les bouleversements qui en découlent n'entraînent que peu de modifications pour l'administration municipale. Le Conseil municipal continue d'élire le Conseil administratif (5 membres depuis 1847). Il en est ainsi jusqu'aux modifications apportées par la loi de 1874, où l'élection des conseillers administratifs se fait directement par le peuple.
Les tâches de la Municipalité s'accroissent au cours du temps. Au début du XIXe siècle, elle veille à l'ordre public, à la propreté des rues et des cours d'eau, elle gère son patrimoine immobilier et tient les registres d'état-civil. Le fait de devenir une Municipalité autonome fondée sur le suffrage universel dès 1842 ne modifie pas en profondeur le type de tâches à effectuer. Toutefois, le visage de la Ville change rapidement au cours de la seconde moitié du XIXe siècle. La loi du 5 février 1849 précise les attributions de l'administration municipale; aux fonctions précédentes se rajoutent l'entretien des promenades, la distribution de l'eau, la gestion des écoles, des musées, des bibliothèques et des cimetières.
Actuellement, les attributions du Conseil administratif (5 membres, élus tous les quatre ans) sont les suivantes: pouvoir exécutif (mise en application des lois votées au Conseil municipal), et administration des services communaux. Le Conseil est aussi chargé de la préparation du budget et de la nomination et révocation des fonctionnaires.
